FUNDANEED está organizada en torno a tres grandes líneas de actuación, las cuales están a cargo de profesionales especializados en las diferentes disciplinas. Este equipo multidisciplinar trabaja de manera conjunta para ofrecer una atención integral a niños y adolescentes con necesidades especiales del desarrollo.
La Fundación cuenta con un Área de Comunicación respaldado por TRINOMIO y, con el asesoramiento jurídico de Legal Momentum como bufete.